Biomarker - Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů

Název v angličtině:Biomarker - Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images
Hlavní řešitel:Smrž Pavel
Spoluřešitelé:Zemčík Pavel
Agentura:Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy České republiky - Zdravý a kvalitní život
Kód:2B06052
Zahájení:2006-07-01
Ukončení:2011-06-30
Klíčová slova:zpracování obrazu, bioinformatika
Anotace:
Předmětem výzkumu jsou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomáhají při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměřujeme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a možnost vysokého stupně automatizace. Zkoumány jsou možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality, mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace analýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt je realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.

Produkty

2011Nástroj pro iterativní filtraci obrazu za použití dekonvolučních metod, software, 2011
Autoři: Štancl Vít
2009Generátor algebraických výrazů pro klasifikaci, software, 2009
Autoři: Juránek Roman, Zemčík Pavel
2008Rychlý bilaterální filtr, software, 2008
Autoři: Seeman Michal, Zemčík Pavel
2007Analýza objemových dat, software, 2007
Autoři: Seeman Michal
 Separabilní převzorkování, software, 2007
Autoři: Přibyl Bronislav, Seeman Michal, Zemčík Pavel

Publikace

2012SEEMAN Michal a ZEMČÍK Pavel. Histogram Smoothing for Bilateral Filter. In: GraVisMa 2009. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2012, s. 145-148. ISBN 978-80-86943-90-9.
2011PŘIBYL Bronislav a ZEMČÍK Pavel. Simple Single View Scene Calibration. In: Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems. Ghent: Springer Verlag, 2011, s. 748-759. ISBN 978-3-642-23686-0. ISSN 0302-9743.
 SEEMAN Michal, ZEMČÍK Pavel, JURÁNEK Roman a HEROUT Adam. Rychlý bilaterální filtr pro zpracování HDR obrazů. Journal of Visual Communication and Image Representation. Amsterdam: Elsevier Science, 2011, roč. 2012, č. 1, s. 6. ISSN 1047-3203.
 ZEMČÍK Pavel, PŘIBYL Bronislav, HEROUT Adam a SEEMAN Michal. Accelerated Image Resampling for Geometry Correction. Journal of Real-Time Image Processing. 2011, roč. 6, č. 3, s. 1-9. ISSN 1861-8200.
 ZEMČÍK Pavel, PŘIBYL Bronislav, ŽÁDNÍK Martin a KORČEK Pavol. Fast and Energy Efficient Image Processing Algorithms using FPGA. In: Proceedings of the 21th Conference on Field Programmable Logic and Applications Workshop. Chania: Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, s. 2. ISBN 978-0-7695-4529-5.
2010ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Combination of Logistic Regression and Boosting to Predict Disease Outcome. Applied Statistics 2010 International Conference. Ribno, Bled, 2010. ISBN 978-961-92487-4-4.
 ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Gene Ontology Driven Feature Filtering from Microarray Data. In: Znalosti 2010. Jindřichův Hradec, 2010, s. 263-266. ISBN 978-80-245-1636-3.
 ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Improved Disease Outcome Prediction Based on Microarray and Clinical Data Combination and Pre-validation. In: Biomedical Engineering Systems and Technologies. Valencia: Springer Verlag, 2010, s. 36-41. ISBN 978-3-540-92218-6.
2009ŠILHAVÁ Jana a SMRŽ Pavel. Additional Predictive Value of Microarray Data Compared to Clinical Variables. In: PRIB 2009, 4th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics. Sheffield: University of Sheffield, 2009, s. 1-6. ISBN 978-0-9563399-0-4.
2008HRADIŠ Michal, HEROUT Adam a ZEMČÍK Pavel. Local Rank Patterns - Novel Features for Rapid Object Detection. In: Proceedings of International Conference on Computer Vision and Graphics 2008. Heidelberg: Springer Verlag, 2008, s. 1-12. ISSN 0302-9743.
 SMRŽ Pavel, ŠILHAVÁ Jana, KLÉMA Jiří a ŽELEZNÝ Filip. Gene Expression Data Mining Guided by Genomic Background Knowledge. In: SOFSEM 2008: Theory and Practice of Computer Science. Nový Smokovec: Springer Verlag, 2008, s. 101-111. ISBN 978-80-7097-697-5.
2007PŘIBYL Bronislav a SEEMAN Michal. Precise Image Resampling for Optics Geometry Correction. In: Digital Technologies 2007. Žilina: Elektrotechnická fakulta Žilinskej Univerzity v Žiline, 2007, s. 1-6.
 SMRŽ Pavel a ŠILHAVÁ Jana. A Framework for Microarray Data Mining and Processing. In: Information and Intelligent Systems. Varaždin, 2007, s. 337-343. ISBN 978-953-607130-2.

Vaše IPv4 adresa: 3.226.251.81
Přepnout na https