Článek v časopise

PUTEROVÁ Janka, RAZUMOVA Olga, MARTÍNEK Tomáš, ALEXANDROV Oleg, DIVASHUK Mikhail, KUBÁT Zdeněk, HOBZA Roman, KARLOV Gennady a KEJNOVSKÝ Eduard. Satellite DNA and Transposable Elements in Seabuckthorn ( Hippophae rhamnoides ), a Dioecious Plant with Small Y and Large X Chromosomes. Genome Biology and Evolution. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 9, č. 1, s. 197-212. ISSN 1759-6653. Dostupné z: https://academic.oup.com/gbe/article/9/1/197/2830930/Satellite-DNA-and-Transposable-Elements-in
Jazyk publikace:angličtina
Název publikace:Satellite DNA and Transposable Elements in Seabuckthorn ( Hippophae rhamnoides ), a Dioecious Plant with Small Y and Large X Chromosomes
Název (cs):Satelitní DNA a transpozibilní elementy u rakytníku (Hippophae rhamnoides), dvoudomá rostlina s malým Y a velkými X chromosomy
Strany:197-212
Místo vydání:GB
Rok:2017
URL:https://academic.oup.com/gbe/article/9/1/197/2830930/Satellite-DNA-and-Transposable-Elements-in
Časopis:Genome Biology and Evolution, roč. 9, č. 1, Oxford, GB
ISSN:1759-6653
DOI:10.1093/gbe/evw303
Klíčová slova
pohlavní chromozomy, kompozice genomu, chromozomální umístění, repetitivní DNA
Anotace
Rakytník (Hippophae rhamnoides) je dvoudomý keř bežně používán ve farmaceutickém, kosmetickém a enviromentálním průmyslu jako zdroj oleje, minerálů a vitamínů. V této studii jsme analyzovali transpozony a satelity v jeho genomu. Vykonali jsme Illumina sekvenování a rekonstruovali jsme hlavní repetitivní DNA sekvence. Pro analýzu dat jsme vyvinuli nový bioinformatický přístup pro pokročilou analýzu satelitní DNA a ukázali jsme, že okolo 25% genomu tvoří satelitní DNA a asi 24% je tvořených transpozony, u kterých dominují Ty3/Gypsy a Ty1/Copia LTR retrotranspozony. FISH mapování odhalilo satelit akumulovaný na X chromozomu, Y specifický satelit a satelit akumulovaný na obou pohlavních chromozomech, přičemž většina satelitů byla nalzena na autosomech. Transpozibilní elementy byly umístněny většinou v subtelomerách všech chromozomů. 5S rDNA a 45S rDNA byly lokalizovány každá na jednom autosomálním lokusu. Přestože jsme demonstrovali malou velikost Y chromozomu a na něm akumulovanou satelitní DNA, nebyli jsme schopni odhadnou věk a rozsah degenerace Y chromozomu. Analýza dvoudomých příbuzných jako je např. Shepherdia by lépe objasnila evoluci pohlavních chromosomů.       
BibTeX:
@ARTICLE{
   author = {Janka Puterov{\'{a}} and Olga Razumova and
	Tom{\'{a}}{\v{s}} Mart{\'{i}}nek and Oleg
	Alexandrov and Mikhail Divashuk and Zden{\v{e}}k
	Kub{\'{a}}t and Roman Hobza and Gennady Karlov and
	Eduard Kejnovsk{\'{y}}},
   title = {Satellite DNA and Transposable Elements in
	Seabuckthorn ( Hippophae rhamnoides ), a Dioecious
	Plant with Small Y and Large X Chromosomes},
   pages = {197--212},
   journal = {Genome Biology and Evolution},
   volume = {9},
   number = {1},
   year = {2017},
   ISSN = {1759-6653},
   doi = {10.1093/gbe/evw303},
   language = {english},
   url = {http://www.fit.vutbr.cz/research/view_pub.php.cs.iso-8859-2?id=11412}
}

Vaše IPv4 adresa: 54.243.17.113
Přepnout na https

DNSSEC [dnssec]