Detail publikace

FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants

BEDNÁŘ David, BEERENS Koen, ŠEBESTOVÁ Eva, BENDL Jaroslav, KHARE Sagar, CHALOUPKOVÁ Radka, PROKOP Zbyněk, BREZOVSKÝ Jan, BAKER David a DAMBORSKÝ Jiří. FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants. PLoS Computational Biology, roč. 11, č. 11, 2015, s. 1-20. ISSN 1553-7358. Dostupné z: http://www.ploscompbiol.org/article/fetchObject.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pcbi.1004556&representation=PDF
Název česky
FireProt: Výpočetní design více-bodového termostabilního proteinu
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Bednář David, Mgr. (LL)
Beerens Koen, Ph.D. (LL)
Šebestová Eva, Mgr., Ph.D. (LL)
Bendl Jaroslav, Ing. (UIFS FIT VUT)
Khare Sagar, Ph.D. (RUTGERS)
Chaloupková Radka, Mgr., Ph.D. (LL)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Baker David, prof., Ph.D. (UWASH)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
URL
Klíčová slova

stabilita proteinu
termostabilita proteinu
zlepšení enzymatických vlastností
více-bodoví mutanti

Abstrakt

Zvyšování proteinové stability má význam z hlediska jejich použití jako biokatalyzátorů, léčebných terapií, diagnostiky a nanomateriálů. Řízená evoluce je silná, ale experimentálně náročná metoda. Výpočetní techniky nabízejí atraktivní alternativu. Avšak, díky jejich limitované spolehlivosti predikce a potenciálním antagonistickým efektům substitucí, pouze jednobodoví mutanti jsou obvykle predikováni in silico, experimentálně verifikováni a potom rekombinováni do podoby více-bodového mutanta. V této studii prezentujeme robustní výpočetní strategii pro predikci vysoce stabilních více-bodových mutantů nazývanou FireProt. Ta kombinuje na energiích a na evoluci založené přístupy s následnou chytrou filtrací pomocí dalších nástrojů. Ukazujeme, že termostabilita modelového enzymu haloalkan dehalogenázy může být značně zvýšena (dTm, 24C). Metoda je obecně aplikovatelná pro všechny proteiny se známou terciární strukturou a dostupnou sadou homologních sekvencí a může být použita k vývoji robustních proteinů pro biomedické a biotechnologické aplikace.

Rok
2015
Strany
1-20
Časopis
PLoS Computational Biology, roč. 11, č. 11, ISSN 1553-7358
Vydavatel
Public Library of Science
DOI
UT WoS
000365801600026
EID Scopus
BibTeX
@ARTICLE{FITPUB10784,
   author = "David Bedn\'{a}\v{r} and Koen Beerens and Eva \v{S}ebestov\'{a} and Jaroslav Bendl and Sagar Khare and Radka Chaloupkov\'{a} and Zbyn\v{e}k Prokop and Jan Brezovsk\'{y} and David Baker and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}",
   title = "FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants",
   pages = "1--20",
   journal = "PLoS Computational Biology",
   volume = 11,
   number = 11,
   year = 2015,
   ISSN = "1553-7358",
   doi = "10.1371/journal.pcbi.1004556",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/10784"
}
Nahoru