Článek ve sborníku konference

MARTÍNEK Tomáš, LEXA Matej a VOŽENÍLEK Jan. Architecture model for approximate palindrome detection. In: 2009 IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems. Liberec: IEEE Computer Society, 2009, s. 90-95. ISBN 978-1-4244-3339-1.
Jazyk publikace:angličtina
Název publikace:Architecture model for approximate palindrome detection
Název (cs):Model architektury pro hledání přibližných palindromů
Strany:90-95
Sborník:2009 IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems
Konference:IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems
Místo vydání:Liberec, CZ
Rok:2009
ISBN:978-1-4244-3339-1
DOI:10.1109/DDECS.2009.5012105
Vydavatel:IEEE Computer Society
Soubory: 
+Typ Jméno Název Vel. Poslední změna
iconddecs.pdf183 KB2012-03-29 13:59:44
^ Vybrat vše
S vybranými:
Klíčová slova
approximate palindrome detection, architecture model, Virtex5, FPGA
Anotace
Porozumnění struktury a funkce DNA sekvencí reprezentuje jednu z nejdůležitějších oblastí moderní biologie. Jednou ze zajimavých struktur vyskytujících se v DNA reprezentují také palindromy. Biologové veří, že palindromy hrají důležitou roli v regulaci aktivity genů a dalších procesů uvnitř buňky, protože jsou obvykle pozorovány blízko promotorů, intronů a specifických nekódujících oblastí. Bohužel, časová složitost algoritmů pro detekci palindromů se zvyšuje vlivem mutací ve formě záměny, vložení nebo odstranění znaku. V minulých letech vzniklo několik prací zaměřených na akceleraci těchto algoritmů s využitím specializovaných hardwarovných obvodů, avšak jejich široké použití je často komplikováno volbou parametrů úlohy nebo cílové platformy ze strany uživatele. Cílem této práce je proto vytvořit model hardwarové architektury pro hledání přibližných palindromů a vyvinout techniku pro automatizovaní mapování tohoto modelu na cílovou platformu bez potřeby zásahu ze strany zkušeného návrháře. Navržený model i technika byla implementována a ohodnocena na rodině čipů s technologií Virtex5.
BibTeX:
@INPROCEEDINGS{
   author = {Tom{\'{a}}{\v{s}} Mart{\'{i}}nek and Matej Lexa
	and Jan Vo{\v{z}}en{\'{i}}lek},
   title = {Architecture model for approximate palindrome
	detection},
   pages = {90--95},
   booktitle = {2009 IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic
	Circuits and Systems},
   year = 2009,
   location = {Liberec, CZ},
   publisher = {IEEE Computer Society},
   ISBN = {978-1-4244-3339-1},
   doi = {10.1109/DDECS.2009.5012105},
   language = {english},
   url = {http://www.fit.vutbr.cz/research/view_pub.php.cs?id=8925}
}

Vaše IPv4 adresa: 34.204.179.0
Přepnout na https