| Název: | Bioinformatika |
|---|
| Zkratka: | BIF |
|---|
| Ak.rok: | 2018/2019 |
|---|
| Semestr: | letní |
|---|
| Studijní plán: | |
|---|
| Vyučovací jazyk: | čeština |
|---|
| Kredity: | 5 kreditů |
|---|
| Ukončení: | zkouška (písemná) |
|---|
| Výuka: | | hod./sem | přednáška | sem./cvič. | lab. cvič. | poč. cvič. | jiná |
|---|
| Rozsah: | 26 | 0 | 0 | 12 | 14 |
|---|
| | zkouška | testy | cvičení | laboratoře | ostatní |
|---|
| Body: | 58 | 16 | 0 | 12 | 14 |
|---|
|
|---|
| Garant: | Martínek Tomáš, Ing., Ph.D. (UPSY) |
|---|
| Přednášející: | Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS)
Martínek Tomáš, Ing., Ph.D. (UPSY) |
|---|
| Cvičící: | Bendl Jaroslav, Ing. (UIFS)
Vogel Ivan, Ing. (UIFS) |
|---|
| Fakulta: | Fakulta informačních technologií VUT v Brně |
|---|
| Pracoviště: | Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně |
|---|
| Rozvrh: |
|---|
| Den | Výuka | Týden | Místnost | Od | Do | PSK | Skupiny |
|---|
| Út | přednáška | výuky | G202 | 11:00 | 12:50 | 1MIT 2MIT | MBI xx |
|---|
| | | | Cíle předmětu: |
|---|
| | | Porozumět základním principům v oblasti molekulární biologie z pohledu informatiky. Obdržet znalosti o používaných výpočetním algoritmech a přístupech. Získat schopnost navrhovat nové efektivní metody pro analýzu biologických dat. | | Anotace: |
|---|
| | | Předmět uvádí studenty do základních principů molekulární biologie z pohledu informatiky, představuje výpočetní algoritmy pro analýzu biologických dat, uvádí jejich složitost a ukazuje směr, jak efektivně navrhovat metody nové. Zejména budou diskutovány následující oblasti: metody pro prohledávání biologických sekvencí, evoluční modely, způsoby konstrukce vývojových stromů, algoritmy pro rozpoznávání genů s využitím strojového učení a přístupy pro predikci 2D a 3D struktury proteinů. Výklad je doplněn praktickými ukázkami s využitím dostupných databází biologických dat. | | Získané dovednosti, znalosti a kompetence z předmětu: |
|---|
| | | Studenti budou schopni pracovat s rozsáhlými databázemi biologických dat a navrhovat nové efektivní algoritmy pro jejich analýzu. | | Dovednosti, znalosti a kompetence obecné: |
|---|
| | | Pochopení vztahu mezi počítači a vybranými molekulárními procesy. | | Osnova přednášek: |
|---|
| | - Úvod do bioinformatiky
- Základy molekulární biologie z pohledu informatiky
- Nástroje molekulární biologie
- Databáze biologických dat
- Zarovnání sekvencí, dynamického programování, BLAST, FASTA
- Evoluční modely
- Konstrukce fylogenetických stromů
- Sestavování fragmentů DNA
- Genomika a rozpoznávání genů
- Proteiny a predikce jejich struktury
- Výpočet sekundární struktury RNA
- Proteomika, regulační sítě
- Polymorfizmus genů a diverzita
| | Osnova počítačových cvičení: |
|---|
| | - Databáze biologických dat
- Analýza genomových sekvencí
- Zarovnání sekvencí
- Konstrukce fylogenetických stromů
- Hledání genů
- Analýza struktury proteinů
| | Osnova ostatní - projekty, práce: |
|---|
| | Studenti vypracují projekt související s tematikou předmětu. Hodnotit se bude realizace, prezentace a dokumentace projektu. | | Literatura referenční: |
|---|
| |
- Dan K. Krane, Michael L. Raymer: Fundamental Concepts of Bioinformatics, ISBN: 0-8053-4633-3, Benjamin Cummings 2003.
- Fatima Cvrčková: Úvod do praktické bioinformatiky, ISBN: 80-200-1360-1, Academia, 2006.
- Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, ISBN: 0262101068, MIT Press, 2004.
- Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette: Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, ISBN: 0-471-47878-4, Wiley-Interscience, 2005.
| | Literatura studijní: |
|---|
| |
- Jacques Cohen: Bioinformatics - An introduction for Computer Scientists, ACM Computing Surveys, 2004, Vol. 36, No. 2, p. 122-158.
- Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame: Bioinformatics for Dummies, ISBN: 0-7645-1696-5, Wiley Publishing, Inc., 2003.
- Yi-Ping Phoebe Chen: Bioinformatics Technologies, ISBN: 3540208739, Springer, 2005.
- Alberts, Bray, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, Walter: Základy buněčné biologie, ISBN: 80-902906-0-4, Espero Publishing, 1998.
| | Kontrolovaná výuka: |
|---|
| | | Výuka není povinná, v případě nepřítomnosti v laboratořích lze nahradit ztrátu bodů následujícím způsobem:
- přijít do jiné skupiny, ve které se probírá ta samá laboratorní úloha.
- na následující laboratoři cvičícímu krátce předvést výsledky ze zameškané laboratoře.
- zaslat
cvičícímu do 14 dní zaslat krátký protokol sumarizující výsledky
zameškané laboratoře a obsahující odpovědi na otázky ze zadání.
| | Průběžná kontrola studia: |
|---|
| | | Půlsemestrální zkouška, projekt, úkol z počítačového cvičení. | | Podmínky zápočtu: |
|---|
| | | Nejsou. | | |
|
Fakulta informačních technologií
![[dnssec]](/common/img/dnssec.png)