Téma disertační práce

Školitel:Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc.
Téma:Predikce vlivu aminokyselinových substitucí na funkci proteinů
Zahájení v ak.r.:2011/2012
Obhajoba disertace:2016-10-10
Název disertace:Predikce vlivu aminokyselinových substitucí na funkci proteinů
Charakteristika řešeného problému:

Proteiny každého živého organismu obsahují aminokyselinové substituce, které jej odlišují od ostatních jedinců. Schopnost předpovědět vliv aminokyselinových substitucí na fungování proteinů a potažmo celého organizmu je důležitá pro odhalení dědičných chorob, předepisování léků „šitých pacientovi na míru" nebo design proteinů pro biotechnologie. V současnosti již existuje celá řada metod pro predikci vlivu aminokyselinových substituci na funkci [1-7] a stabilitu proteinů [8]. Disertační práce bude zaměřena na integraci existujících metod a vizualizaci výsledků společně s dalšími vlastnostmi aminokyselinových substitucí. Tyto informace odborníkovi zkoumajícímu konkrétní protein umožní spojit svoji expertízu s predikcemi automatických metod. Výsledek nalezne uplatnění v enzymologii, proteomice, proteinovém inženýrství, genomice a lékařském výzkumu.

Školitelem specialistou (konzultantem) bude doc. Mgr. Jiří Damborský z PřF MU Brno. Téma je součástí projektu GAČR "Analýza a vizualizace proteinových struktur".

Doktorand v prezenční formě studia bude zapojen do výuky podle potřeb ústavu a fakulty.

Reference a odkazy

1.       Wainreb, G., Ashkenazy, H., Bromberg, Y., Starovolsky-Shitrit, A., Haliloglu, T., Ruppin, E., Avraham, K. B., et al. (2010). MuD: an interactive web server for the prediction of non-neutral substitutions using protein structural data. Nucleic Acids Research, 38(Web Server issue), W523-528. doi:10.1093/nar/gkq528  

2.       Bromberg, Y., & Rost, B. (2007). SNAP: predict effect of non-synonymous polymorphisms on function. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 35(11), 3823-3835. doi:10.1093/nar/gkm238  

3.       Lee, P. H., & Shatkay, H. (2008). F-SNP: computationally predicted functional SNPs for disease association studies. Nucleic Acids Research, 36(Database issue), D820-824. doi:10.1093/nar/gkm904  

4.       Yuan, H., Chiou, J., Tseng, W., Liu, C., Liu, C., Lin, Y., Wang, H., et al. (2006). FASTSNP: an always up-to-date and extendable service for SNP function analysis and prioritization. Nucleic Acids Research, 34(Web Server issue), W635-641. doi:10.1093/nar/gkl236  

5.       Thusberg, J., & Vihinen, M. (2009). Pathogenic or not? And if so, then how? Studying the effects of missense mutations using bioinformatics methods. Human Mutation, 30(5), 703-714. doi:10.1002/humu.20938

6.       Adzhubei, I. A., Schmidt, S., Peshkin, L., Ramensky, V. E., Gerasimova, A., Bork, P., Kondrashov, A. S., et al. (2010). A method and server for predicting damaging missense mutations. Nature Methods, 7(4), 248-249. doi:10.1038/nmeth0410-248  

7.       Stone, E. A., & Sidow, A. (2005). Physicochemical constraint violation by missense substitutions mediates impairment of protein function and disease severity. Genome Research, 15(7), 978-986. doi:10.1101/gr.3804205  

8.       Potapov, V., Cohen, M., & Schreiber, G. (2009). Assessing computational methods for predicting protein stability upon mutation: good on average but not in the details. Protein Engineering, Design & Selection: PEDS, 22(9), 553-560. doi:10.1093/protein/gzp030

 

Vaše IPv4 adresa: 18.204.48.40
Přepnout na https