Detail produktu
sigbin: an R/Bioconductor package for signal-based DNA sequence binning
Vznik: 2016
Název česky
sigbin: R/Bioconductor balíček umožňující shlukování DNA sekvencí podle signálových rysů
Typ
software
Licence
podle podmínek - zdarma
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Kupková Kristýna, Ing. (FEKT VUT)
Sedlář Karel, doc. Mgr. Ing., Ph.D. (FEKT VUT)
Kupková Kristýna, Ing. (FEKT VUT)
Sedlář Karel, doc. Mgr. Ing., Ph.D. (FEKT VUT)
Klíčová slova
DNA, shlukování, signál, Hjorthovy parametry
Popis
Tento balíček poskytuje funkce pro shlukování DNA sekvencí. DNA sekvence jsou nejprve převedeny na fázový signál a poté jsou vypočteny Hjorthovy parametry - aktivita, mobilita a komplexita - podle kterých je i zkonstruován výsledný strom hierarchického shlukování.
Umístění
Licence
Volně šiřitelný software poskytovaný pod licencí BSD (přesné znění licence je dostupné na stránce http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php).
Projekty
Pokročilé metody pro rychlou identifikaci a vizualizaci metagenomických dat (FEKT/FIT-J-16-3335)
Pracoviště