Detail publikace

Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization

BEERENS Koen, MAZURENKO Stanislav, KUNKA Antonín, MARQUES Sergio M., HANSEN Niels, MUSIL Miloš, CHALOUPKOVÁ Radka, WATERMAN Jitka, BREZOVSKÝ Jan, BEDNÁŘ David, PROKOP Zbyněk a DAMBORSKÝ Jiří. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization. ACS Catalysis, roč. 2018, č. 8, s. 9420-9428. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/wp-content/uploads/2018/09/acscatal18b.pdf
Název česky
Evoloční analýza je komplementárním nástrojem k výpočtům volné energie a dovoluje entropickou stabilizaci
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Beerens Koen (UGENT)
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D. (LL)
Marques Sergio M. (LL)
Hansen Niels (AUD)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Chaloupková Radka, Mgr., Ph.D. (LL)
Waterman Jitka (DLS)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
URL
Abstrakt

Stabilita proteinů je důležitou vlastností využívanou v biokatalýze, či při výrobě biomateriálů. Výpočetní nástroje umožňují proteiny modifikovat se zvyšující se rychlostí. Zjistili jsme, že stabilizační mutace v haloalkane dehalogenase DhaA založené na fylogenetické analýze není možné reprodukovat pomocí metod využívajících silové pole. Vyzkoušeli jsme čtyři různé hypotézy ve snaze vysvětlit podstatu této stabilizace s využitím strukturních, biochemických, biofyzických a výpočetních metod. Ukázali jsme, že stabilizace proteinu pomocí evolučních metod je řízená entropií, narozdíl od mutací řízených enthalpií jako v případě mutací založených na výpočtu silového pole. Tyto výsledky napovídají, že fylogenetická analýza by měla být komplementární k energetické. Poznatky získané v této práci by mohly napomoci k vývoji nových teoretických přístupů pro predikci entropických příspěvků při proteinové stabilizaci.

Rok
2018
Strany
9420-9428
Časopis
ACS Catalysis, roč. 2018, č. 8, ISSN 2155-5435
Vydavatel
American Chemical Society
DOI
10.1021/acscatal.8b01677
UT WoS
000447224100051
EID Scopus
2-s2.0-85053636839
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB11548,
   author = "Koen Beerens and Stanislav Mazurenko and Anton\'{i}n Kunka and M. Sergio Marques and Niels Hansen and Milo\v{s} Musil and Radka Chaloupkov\'{a} and Jitka Waterman and Jan Brezovsk\'{y} and David Bedn\'{a}\v{r} and Zbyn\v{e}k Prokop and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}",
   title = "Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization",
   pages = "9420--9428",
   journal = "ACS Catalysis",
   volume = 2018,
   number = 8,
   year = 2018,
   ISSN = "2155-5435",
   doi = "10.1021/acscatal.8b01677",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11548"
}
Nahoru