Ústav počítačových systémů

Článek v časopise

HON Jiří, MARTÍNEK Tomáš, ZENDULKA Jaroslav a LEXA Matej. pqsfinder: an exhaustive and imperfection-tolerant search tool for potential quadruplex-forming sequences in R. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 21, s. 3373-3379. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/33/21/3373/3923794
Jazyk publikace:angličtina
Název publikace:pqsfinder: an exhaustive and imperfection-tolerant search tool for potential quadruplex-forming sequences in R
Název (cs):pqsfinder: balíček prostředí R pro vyhledávání potenciálních nedokonalých kvadruplexů
Strany:3373-3379
Místo vydání:GB
Rok:2017
URL:https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/33/21/3373/3923794
Časopis:Bioinformatics, roč. 33, č. 21, Oxford, GB
ISSN:1367-4803
DOI:10.1093/bioinformatics/btx413
Klíčová slova
G-quadruplex identification, G4, imperfect G4, potential quadruplex-forming sequence, PQS, pattern search
Anotace
Motivace: G-kvadruplexy (G4) jsou jedny z netypických DNA struktur, které byly pozorovány in vitro a pravděpodobně se utváří in vivo. Nedávné experimenty tuto hypotézu potvrzují. Ukazuje se, že kvadruplexy ovlivňují celou škálu molekulárních procesů v živých buňkách. Aby bylo možné kvadruplexy detailněji studovat, je potřebné přesně určit jejich možnou pozici v DNA sekvencích, kde by se mohly formovat.
Výsledky: V tomto článku prezentujeme nový softwarový balíček pro prostředí Bioconductor, který slouží k identifikaci potenciálních kvadruplexů. Výsledný software je jednoduše použitelný, ale zároveň flexibilní a rozšiřitelný. Umožňuje identifikaci nejen kanonických kvadruplexů, ale i takových, které se odlišují od běžných forem. Jednou z hlavních předností prezentovaného nástroje je kvalitní skórovací model, který byl natrénován na experimentálních datech a vykazuje vyšší přesnost než srovnatelné konkurenční programy. Náš nástroj pqsfinder dosahuje přesnosti 96 % na datové sadě 392 experimentálně charakterizovaných sekvencí. Navíc jsme jej otestovali na datové sadě z G4-seq experimentu, abychom ověřili, jak dobře dokáže identifikovat kvadruplexy nalezené touto technologií. Korelace predikcí našeho nástroje s G4-seq daty byla 0,618, nejvyšší ze všech současných nástrojů.
BibTeX:
@ARTICLE{
   author = {Ji{\v{r}}{\'{i}} Hon and Tom{\'{a}}{\v{s}} Mart{\'{i}}nek
	and Jaroslav Zendulka and Matej Lexa},
   title = {pqsfinder: an exhaustive and imperfection-tolerant search
	tool for potential quadruplex-forming sequences in R},
   pages = {3373--3379},
   journal = {Bioinformatics},
   volume = {33},
   number = {21},
   year = {2017},
   ISSN = {1367-4803},
   doi = {10.1093/bioinformatics/btx413},
   language = {english},
   url = {http://www.fit.vutbr.cz/research/view_pub.php.cs.iso-8859-2?id=11434}
}

Vaše IPv4 adresa: 54.92.190.11
Přepnout na IPv6 spojení

DNSSEC [dnssec]