Doc. Dr. Ing. Otto Fučík

LEXA Matej, MARTÍNEK Tomáš, BECK Patrik, FUČÍK Otto, VALLE Giorgio a ZARA Ivano. Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching. In: 21st European Conference on Modelling and Simulation. Praha: European Council for Modelling and Simulation, 2007, s. 333-338. ISBN 978-0-9553018-2-7.
Jazyk publikace:angličtina
Název publikace:Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching
Název (cs):Genomická PCR simulace s hardwarovou akcelerací operace hledani podobnosti
Strany:333-338
Sborník:21st European Conference on Modelling and Simulation
Konference:21st European Conference on Modelling and Simulation
Místo vydání:Praha, CZ
Rok:2007
ISBN:978-0-9553018-2-7
Vydavatel:European Council for Modelling and Simulation
Klíčová slova
Virtual PCR; FPGA; sequence alignment; mathematical model
Anotace
Uvádíme nejnovějsí vylepšení provedená na programu pro simulaci VPCR reakce, který je nyní přístupný na Internetu. Popisujeme vnitřní strukturu dynamickeho simulacniho modelu s ohledem na části s nejvyšší časovou náročností a vlivem na citlivost operace pro porovnávání sekvencí. Záměnou programu BLAST za více ciltivý a rychlejší PRIMEX získáváme značné vylepšení predikce PCR produktů. Další vylepšení rychlosti výpočtu bylo dosaženo s využitím hardwarové akcelerace operace pro porovnávání sekvencí na základě podobnosti.
BibTeX:
@INPROCEEDINGS{
   author = {Matej Lexa and Tom{\'{a}}{\v{s}} Mart{\'{i}}nek
	and Patrik Beck and Otto Fu{\v{c}}{\'{i}}k and
	Giorgio Valle and Ivano Zara},
   title = {Genomic PCR simulation with hardware-accelerated
	approximate sequence matching},
   pages = {333--338},
   booktitle = {21st European Conference on Modelling and Simulation},
   year = {2007},
   location = {Praha, CZ},
   publisher = {European Council for Modelling and Simulation},
   ISBN = {978-0-9553018-2-7},
   language = {english},
   url = {http://www.fit.vutbr.cz/research/view_pub.php.cs?id=8396}
}

Vaše IPv4 adresa: 3.90.12.112
Přepnout na https