Detail publikace

Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome: In silico study using the R/Bioconductor package triplex

LEXA Matej, MARTÍNEK Tomáš a BRÁZDOVÁ Marie. Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome: In silico study using the R/Bioconductor package triplex. In: Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. Angers: SciTePress - Science and Technology Publications, 2014, s. 80-88. ISBN 978-989-758-012-3.
Název česky
Nerovnoměrné rozložení potenciálních sekvencí tvořicích triplex v lidském genomu: Výpočetní studie s využitím balíčku triplex prostředí R/Bioconductor
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
angličtina
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (FI MUNI)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Brázdová Marie, Mgr., Ph.D. (IBP)
Abstrakt

Eukaryotické genomy jsou bohaté na sekvence, které jsou schopny tvořit non-B DNA struktury. Očekává se, že tyto struktury hrají důležitou roli v regulačních procesech nad úrovni jednotlivých genů, jako je např dynamika genomu nebo organizace chromatinu, jakož i v procesech, které vedou ke ztrátě těchto funkcí jako je rozvoj rakoviny. Nedávno několik autorů mapovalo výskyt potenciálních kvadruplexů uvnitř lidského genomu a zjistili, že jsou často spojovány s promotory. V tomto článku  jsme se rozhodli zmapovat rozdělení a charakteristiky sekvencí schopných potenciálně tvořit triplexy uvnitř lidského genomu. Pomocí balíčku triplex z prostředí R/Bioconductor jsme objevili, že tyto sekvence se obvykle nevyskytují v exonech a zpravidla se objevují v malém počtu tříd repetitivních sekvencí, zejména v krátkých tandemových opakováních (mikrosatelitech), Alu a kombinovaných elementech jako je například SVA. Také jsme představili nový způsob, jak třídit sekvence potenciální triplexů pomocí lexikograficky minimální rotace nejčastějších k-merů, která automaticky přiřadí triplexu jeho třídu. Členy této třídy mají obvykle různé sklony k tvorbě paralelních a antiparalelních intramolekulárních triplexů (H-DNA). Pozorovali jsme zajímavý vzor, kde u třetích vláken antiparalelních H-DNA docházelo daleko méně k odstranění znaku ve srovnání s jejich duplexovými protějšky.

Rok
2014
Strany
80-88
Sborník
Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
Konference
International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Angers, FR
ISBN
978-989-758-012-3
Vydavatel
SciTePress - Science and Technology Publications
Místo
Angers, FR
DOI
UT WoS
000345686400014
EID Scopus
BibTeX
@INPROCEEDINGS{FITPUB10566,
   author = "Matej Lexa and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Marie Br\'{a}zdov\'{a}",
   title = "Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome: In silico study using the R/Bioconductor package triplex",
   pages = "80--88",
   booktitle = "Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms",
   year = 2014,
   location = "Angers, FR",
   publisher = "SciTePress - Science and Technology Publications",
   ISBN = "978-989-758-012-3",
   doi = "10.5220/0004824100800088",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/10566"
}
Nahoru