Článek v časopise

SUMBALOVÁ Lenka, ŠTOURAČ Jan, MARTÍNEK Tomáš, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. HotSpot Wizard 3.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries based on Sequence Input Information. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 2018, č. 24, s. 1-7. ISSN 1362-4962. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gky417
Jazyk publikace:angličtina
Název publikace:HotSpot Wizard 3.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries based on Sequence Input Information.
Název (cs):HotSpot Wizard 3.0: Webový server pro automatický návrh mutací a chytrých knihoven na základě sekvenčních informací
Strany:1-7
Místo vydání:GB
Rok:2018
URL:https://doi.org/10.1093/nar/gky417
Časopis:Nucleic Acids Research, roč. 2018, č. 24, Oxford, GB
ISSN:1362-4962
DOI:10.1093/nar/gky417
Klíčová slova
Hot spots, proteins, homology modelling, stability.
Anotace
HotSpot Wizard je webový server používaný pro automatickou identifikaci hotspotů (vhodných míst pro mutace) v rámci semi-racionálního návrhu za účelem vylepšení stability proteinu, jeho katalitické aktivity, substrátové specificity a enantioselektivity. Jelikož je v bioinformatických databázích mnohem méně známých proteinových struktur než sekvencí, hlavní limitace předchozí verze nástroje byl požadavek proteinové struktury jako vstupu. Vstupem HotSpot Wizard 3.0 může nyní být i sekvence. Proteinová struktura je poté buď získána z jedné z 8 databází homologních modelů nebo vymodelována s využitím nástrojů Modeller a I-Tasser. Poté je kvalita modelu ověřena použitím tří různých nástrojů - WHAT_CHECK, PROCHECK a MolProbity. Během následujících analýz, systém uživatele varuje před použitím nekvalitních částí predikované struktury. Druhá limitace předchozí verze HotSpot Wizardu spočívala v tom, že identifikoval vhodná místa pro mutace, ale chyběly informace o konkrétní substituci. V nové verzi je nyní modul pro výpočet termodynamické stabiity s využitím Rosetty a FoldXu, což pomáhá předcházet destabilizujícícm mutacím. HotSpot Wizard je dostupný na http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard.
BibTeX:
@ARTICLE{
   author = {Lenka Sumbalov{\'{a}} and Jan {\v{S}}toura{\v{c}}
	and Tom{\'{a}}{\v{s}} Mart{\'{i}}nek and David
	Bedn{\'{a}}{\v{r}} and Ji{\v{r}}{\'{i}}
	Damborsk{\'{y}}},
   title = {HotSpot Wizard 3.0: Web Server for Automated
	Design of Mutations and Smart Libraries based on
	Sequence Input Information.},
   pages = {1--7},
   journal = {Nucleic Acids Research},
   volume = 2018,
 number = 24,
   year = 2018,
   ISSN = {1362-4962},
   doi = {10.1093/nar/gky417},
   language = {english},
   url = {http://www.fit.vutbr.cz/research/view_pub.php.cs?id=11738}
}

Vaše IPv4 adresa: 35.173.234.237