Detail publikace

Computer-Assisted Engineering of Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Persistent Pollutant

KURUMBANG Nagendra, DVOŘÁK Pavel, BENDL Jaroslav, BREZOVSKÝ Jan, PROKOP Zbyněk a DAMBORSKÝ Jiří. Computer-Assisted Engineering of Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Persistent Pollutant. ACS Synthetic Biology, roč. 3, č. 3, 2014, s. 172-181. ISSN 2161-5063. Dostupné z: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/sb400147n
Název česky
Počítačové modelování syntetické dráhy pro biodegradaci toxických látek
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Kurumbang Nagendra, Ph.D. (LL)
Dvořák Pavel, Mgr. (LL)
Bendl Jaroslav, Ing., Ph.D. (FIT VUT)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
URL
Klíčová slova

aktivita, enantioselektivita, kinetické modelování, proteinové a metabolické inženýrství, syntetická dráha, toxicita

Abstrakt

Antropogenní halogenované sloučeniny se v přírodě objevily až s příchodem průmyslové revoluce. Mikroorganizmy, které by byly schopny je přirozeně rozkládat, proto neměly dostatek času k evoluci. Takový problém může být řešen skrze kombinaci proteinového a metabolického inženýrství. V rámci této práce byla sestrojena syntetická dráha pro konverzi vysoce toxického1,2,3-trichloropropanu na glycerol v organizmu Escheria coli. Optimální poměry enzymů pro maximalizaci produkce glycerolu a minimalizace toxicity metabolitů byly predikovány s využitím matematického modelu. Kmenyobsahující očekávané poměry enzymů byly zkonstruovány a charakterizovány pro zjištění jejich viabilitních a degradačních schopností. Bylo dosaženo velmi dobré shody mezi predikovánými a experimentálně zjištěnými daty. Validovaný model byl použit ke kvantitativnímu popisu kinetických omezení kombinací enzymových variant. Nadto tato tudie potvrzuje obecný potenciál využití mikroorganizmů pro degradaci toxických antropogenetických sloučenin.

Rok
2014
Strany
172-181
Časopis
ACS Synthetic Biology, roč. 3, č. 3, ISSN 2161-5063
Vydavatel
American Chemical Society
DOI
10.1021/sb400147n
UT WoS
000333476900009
EID Scopus
2-s2.0-84896930502
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB10462,
   author = "Nagendra Kurumbang and Pavel Dvo\v{r}\'{a}k and Jaroslav Bendl and Jan Brezovsk\'{y} and Zbyn\v{e}k Prokop and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}",
   title = "Computer-Assisted Engineering of Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Persistent Pollutant",
   pages = "172--181",
   journal = "ACS Synthetic Biology",
   volume = 3,
   number = 3,
   year = 2014,
   ISSN = "2161-5063",
   doi = "10.1021/sb400147n",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/10462"
}
Nahoru