Detail publikace

HotSpot Wizard 2.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries

BENDL Jaroslav, ŠTOURAČ Jan, ŠEBESTOVÁ Eva, VÁVRA Ondřej, MUSIL Miloš, BREZOVSKÝ Jan a DAMBORSKÝ Jiří. HotSpot Wizard 2.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries. Nucleic Acids Research, roč. 44, č. 1, 2016, s. 479-487. ISSN 1362-4962. Dostupné z: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/05/12/nar.gkw416.full
Název česky
HotSpot Wizard 2.0: Automatický návrh místně-specifických mutací a chytrých knihoven pro proteinové inženýrství
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Bendl Jaroslav, Ing. (UIFS FIT VUT)
Štourač Jan (LL)
Šebestová Eva, Mgr., Ph.D. (LL)
Vávra Ondřej, Bc. (LL)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
URL
Klíčová slova

proteinové inženýrství, design chytrých knihoven, výpočetní mutageneze, predikce hotspotů, semi-racionální design enzymů

Abstrakt

HotSpot Wizard 2.0 je webový server pro automatickou identifikaci hot spotů a design mutací pro inženýrování enzymatické aktivity, substrátové specificity, enantioselektivity nebo proteinové stability. Vyvinutý server integruje sekvenční, strukturní a evoluční informace získané z tří databází a devatenácti výpočetních nástrojů tak, aby provedl uživatele přes proces výběru hot spotů pomocí čtyřech protein-inženýrských strategií a zároveň optimalizoval velikost knihovny prostřednictvím zúžení setu mutací na vybraných pozicích. Jediným povinným vstupem popsaného výpočtu je proteinová struktura. Výsledky jsou mapovány na proteinovou strukturu v JSMol apletu. Pro každou z implementovaných protein-inženýrských strategií HotSpot Wizard vypíše anotovaná rezidua vhodná k mutagenezi a umožní návrh degenerovaných kodonů. Nadto, HotSpot Wizard poskytuje ucelený a široký set anotací proteinových struktur a asistuje uživatelů s designem mutací v experimentech místně-cílené mutagenezi a řízené evoluce. HotSpot Wizard je volně dostupný na adrese http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard2.

Rok
2016
Strany
479-487
Časopis
Nucleic Acids Research, roč. 44, č. 1, ISSN 1362-4962
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
UT WoS
000379786800079
EID Scopus
BibTeX
@ARTICLE{FITPUB11083,
   author = "Jaroslav Bendl and Jan \v{S}toura\v{c} and Eva \v{S}ebestov\'{a} and Ond\v{r}ej V\'{a}vra and Milo\v{s} Musil and Jan Brezovsk\'{y} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}",
   title = "HotSpot Wizard 2.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries",
   pages = "479--487",
   journal = "Nucleic Acids Research",
   volume = 44,
   number = 1,
   year = 2016,
   ISSN = "1362-4962",
   doi = "10.1093/nar/gkp410",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11083"
}
Nahoru