Detail publikace

Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching

LEXA Matej, MARTÍNEK Tomáš, BECK Patrik, FUČÍK Otto, VALLE Giorgio a ZARA Ivano. Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching. In: 21st European Conference on Modelling and Simulation. Praha: European Council for Modelling and Simulation, 2007, s. 333-338. ISBN 978-0-9553018-2-7.
Název česky
Genomická PCR simulace s hardwarovou akcelerací operace hledani podobnosti
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
angličtina
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (FI MUNI)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Beck Patrik, Bc. (FIT VUT)
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY FIT VUT)
Valle Giorgio (UNIPD)
Zara Ivano (UNIPD)
Abstrakt

Uvádíme nejnovějsí vylepšení provedená na programu pro simulaci VPCR reakce, který je nyní přístupný na Internetu. Popisujeme vnitřní strukturu dynamickeho simulacniho modelu s ohledem na části s nejvyšší časovou náročností a vlivem na citlivost operace pro porovnávání sekvencí. Záměnou programu BLAST za více ciltivý a rychlejší PRIMEX získáváme značné vylepšení predikce PCR produktů. Další vylepšení rychlosti výpočtu bylo dosaženo s využitím hardwarové akcelerace operace pro porovnávání sekvencí na základě podobnosti.

Rok
2007
Strany
333-338
Sborník
21st European Conference on Modelling and Simulation
Konference
21st European Conference on Modelling and Simulation, Praha, CZ
ISBN
978-0-9553018-2-7
Vydavatel
European Council for Modelling and Simulation
Místo
Praha, CZ
BibTeX 
@INPROCEEDINGS{FITPUB8396,
   author = "Matej Lexa and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Patrik Beck and Otto Fu\v{c}\'{i}k and Giorgio Valle and Ivano Zara",
   title = "Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching",
   pages = "333--338",
   booktitle = "21st European Conference on Modelling and Simulation",
   year = 2007,
   location = "Praha, CZ",
   publisher = "European Council for Modelling and Simulation",
   ISBN = "978-0-9553018-2-7",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/8396"
}
Nahoru